Michaela Aigner, geboren in Wels, studierte an der Universität Mozarteum Salzburg Musikerziehung, Kirchenmusik, Instrumentalpädagogik Orgel bei Ernst Ludwig Leitner und Josef Friedrich Doppelbauer sowie Konzertfach Orgel bei Edgar Krapp und beendete ihr Studium 1986 mit Auszeichnung.
 

1983 erhielt sie den Würdigungspreis des Wissenschaftsministeriums, und 1986/87 ein Arbeitsstipendium für Studien am Conservatoire in Strasbourg, wo sie bei Daniel Roth vor allem französische Orgelmusik und Werke J. S. Bachs erarbeitete.

Ihr Interesse gilt vor allem auch der Alten Musik, sie besuchte Kurse u.a. bei H. Vogel, L. F. Tagliavini, J.-C. Zehnder, G. Bovet, L. Rogg und M. Radulescu. Das Spiel auf historischen Orgeln stellt einen wichtigen Aspekt ihrer Konzerttätigkeit dar; sie war außerdem einige Jahre lang Organistin an der Kajetanerkirche in Salzburg, die eine Egedacher-Orgel aus der Zeit um 1700 besitzt.